（一）基本氨基酸 

    組成蛋白質的20種氨基酸稱為基本氨基酸。它們中除脯氨酸外都是α-氨基酸，即在α-碳原子上有一個氨基?；景被岫挤贤ㄊ?，都有單字母和三字母縮寫符號。

    按照氨基酸的側鏈結構，可分為三類：脂肪族氨基酸、芳香族氨基酸和雜環氨基酸。

    1.脂肪族氨基酸 共15種。

    側鏈只是烴鏈：Gly, Ala, Val, Leu, Ile后三種帶有支鏈，人體不能合成，是必需氨基酸。

    側鏈含有羥基：Ser, Thr許多蛋白酶的活性中心含有絲氨酸，它還在蛋白質與糖類及磷酸的結合中起重要作用。

    側鏈含硫原子：Cys, 

    Met兩個半胱氨酸可通過形成二硫鍵結合成一個胱氨酸。二硫鍵對維持蛋白質的高級結構有重要意義。半胱氨酸也經常出現在蛋白質的活性中心里。甲硫氨酸的硫原子有時參與形成配位鍵。甲硫氨酸可作為通用甲基供體，參與多種分子的甲基化反應。

    側鏈含有羧基：Asp（D）, Glu（E）

    側鏈含酰胺基：Asn（N）, Gln（Q）

    側鏈顯堿性：Arg（R）, Lys（K）

    2.芳香族氨基酸包括苯丙氨酸（Phe,F）和酪氨酸(Tyr,Y)兩種。 酪氨酸是合成甲狀腺素的原料。

    3.雜環氨基酸 

    包括色氨酸(Trp,W)、組氨酸(His)和脯氨酸(Pro)三種。其中的色氨酸與芳香族氨基酸都含苯環，都有紫外吸收(280nm)。所以可通過測量蛋白質的紫外吸收來測定蛋白質的含量。組氨酸也是堿性氨基酸，但堿性較弱，在生理條件下是否帶電與周圍內環境有關。它在活性中心常起傳遞電荷的作用。組氨酸能與鐵等金屬離子配位。脯氨酸是唯一的仲氨基酸，是α-螺旋的破壞者。

    B是指Asx，即Asp或Asn；Z是指Glx，即Glu或Gln。

    基本氨基酸也可按側鏈極性分類：

    非極性氨基酸：Ala, Val, Leu, Ile, Met, Phe, Trp, Pro共八種

    極性不帶電荷：Gly, Ser, Thr, Cys, Asn, Gln, Tyr共七種

    帶正電荷：Arg, Lys, His

    帶負電荷：Asp, Glu

    （二）不常見的蛋白質氨基酸

    某些蛋白質中含有一些不常見的氨基酸，它們是基本氨基酸在蛋白質合成以后經羥化、羧化、甲基化等修飾衍生而來的。也叫稀有氨基酸或特殊氨基酸。如4-羥脯氨酸、5-羥賴氨酸、鎖鏈素等。其中羥脯氨酸和羥賴氨酸在膠原和彈性蛋白中含量較多。在甲狀腺素中還有3,5-二碘酪氨酸。

    （三）非蛋白質氨基酸 

    自然界中還有150多種不參與構成蛋白質的氨基酸。它們大多是基本氨基酸的衍生物，也有一些是D-氨基酸或β、γ、δ-氨基酸。這些氨基酸中有些是重要的代謝物前體或中間產物，如瓜氨酸和鳥氨酸是合成精氨酸的中間產物，β-丙氨酸是遍多酸（泛酸，輔酶A前體）的前體，γ-氨基丁酸是傳遞神經沖動的化學介質