多肽抗原由于太小而不能產生顯著的免疫反應，因此需要將多肽抗原偶聯到KLH（Keyhole Limpet Hemocyanin）、BSA（Bovine Serum Albumin）、OVA（Ovalbumin）等較大的蛋白載體上。KLH由于在ELISA或Western blotting檢測中沒有抑制作用從而不影響檢測結果。常用的偶聯原理是順丁烯二酰亞胺理論， 即將多肽中的半胱氨酸殘基與載體蛋白偶聯。因此合成抗原多肽時，在其N端或C端添加一個半胱氨酸殘基有利于多肽與載體蛋白的偶聯。

一般來說，多肽可以與蛋白偶聯的條件如下：

◆ Cys上的巰基（-SH）可以進行偶聯反應(推薦)

◆ 或擁有一個未保護（自由）的氨基或羧基